Jedes Departamento in Bolivien wird durch einen Präfekten und einen Rat verwaltet. Der Rat wird durch die Städte (Municipalidades) des Departamento bestimmt, während das Volk durch direkte Abstimmung den Präfekt wählen kann. Er darf dann die Subprefectos ernennen.
Dieses Verfahren ist aber neu. Vorher waren die Prefectos, oder auch Gobernadores genannt, vom Präsidenten ins Amt gerufen worden. Seit 2005 dürfen sie nun mittels direkter geheimer Wahl vom Volk selbst gewählt werden. Die Wahlregeln sind aber nicht identisch mit denen des nationalen Wahlverfahrens. Für die Departamentos reicht die einfache Mehrheit, damit der Kandidat im Amt bestätigt wird. Das bedeutet, dass der Kandidat mit den meisten Stimmen automatisch gewinnt. Eine absolute Mehrheit – wie bei den Präsidentschaftswahlen – ist nicht erforderlich.
Durch die direkten Wahlen haben die Präfekten an Bedeutung gewonnen. Die direkte Legitimierung durch das Volk verleiht dem Prefecto nämlich eine stärkere Machtbasis gegenüber der Zentralregierung. Trotzdem sind die genauen Einflussmöglichkeiten nicht per Gesetz festgelegt. Die Präfekten, welche für die Autonomie kämpfen, erhoffen sich von der Verfassungsgebenden Versammlung daher eine Lösung für diese Frage bzw. für die Erweiterung ihrer Kompetenzen.
Die Regierung von Evo Morales hat darüber hinaus das neue Amt des Delegierten kreiert. Diese von La Paz festgelegten Gesandten sollen neben den Präfekten die Departamentos verwalten und die Interessen der Regierung vertreten. Dieser Posten ist aber typisch für föderalistische Regierungssysteme, in denen eine relative Autonomie der Departamentos besteht. Damit zeigt Morales bereits, dass er sich mit der wichtigen Frage der Autonomie beschäftigt.